公司前身为云南省交通厅下属的云南昭通汽车运输经贸总公司，是有40余年从事专业运输工作经验的国有中型企业。2001年按照省交通厅和昭通市政府关于组建区域性交通运输集团的要求，企业于2001年6-12月期间采用整体兼并方式，先后兼并了昭通市辖区内彝良、威信、盐津、水富、绥江、大关、永善、巧家八县的十户专业运输企业（镇雄县运司已于1997年兼并），经省交通厅批准，2001年10月9日企业更名为“云南昭通交通运输集团公司”。2002年12月企业又整体兼并了昭阳区汽车运输公司（原市运司），2003年10月16日兼并原昭通地运司、鲁甸县运司。